El 12 de enero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) recibió el genoma secuenciado40​ del nuevo virus causante de la enfermedad y lo nombró temporalmente 2019-nCoV, del inglés 2019-novel coronavirus (nuevo coronavirus), mientras que la enfermedad era llamada «infección por 2019-nCoV» en documentos médicos,41​42​ y SARS de Wuhan o Wu Flu (gripe de Wu) en Internet.43​44​ El 30 de enero, la OMS recomendó que el nombre provisorio de la enfermedad fuera "enfermedad respiratoria aguda por 2019-nCoV", hasta que la Clasificación Internacional de Enfermedades diera un nombre oficial.45​ A pesar de esta recomendación, los medios y agencias de noticias continuaron usando la denominación neumonía de Wuhan para referirse a la enfermedad.46​47​48​

La OMS anunció el 11 de febrero de 2020 que COVID-19 sería el nombre oficial de la enfermedad.49​ El nombre es un acrónimo de coronavirus disease 2019 (enfermedad por coronavirus 2019, en español). Se procuró que la denominación no contuviera nombres de personas o referencias a ningún lugar, especie animal, tipo de comida, industria, cultura o grupo de personas, en línea con las recomendaciones internacionales, para evitar que hubiera estigmatización contra algún colectivo.50​51​

En español, el género de la denominación de la enfermedad puede ser tanto femenino como masculino; sin embargo, el femenino fue desde un principio el preferido por la Fundéu BBVA y, posteriormente, por la Real Academia Española (RAE): La COVID-19, debido a que «COVID-19» es el acrónimo en inglés de enfermedad por coronavirus de 2019, donde enfermedad (palabra representada por la letra D, elemento principal del acrónimo) solo puede ser femenino en la lengua española.6​ Aunque es el femenino el que utiliza la OMS en todos sus escritos, el uso del masculino se halla más estandarizado en el discurso público, según la RAE, por influencia del género de coronavirus y de otras enfermedades víricas: el dengue, el MERS, el SARS, el Zika, y otras.52​ La Fundéu BBVA también señala que se puede lexicalizar el nombre de la enfermedad en textos generales, escribiéndolo todo en minúsculas (covid-19) por tratarse de un sustantivo, en lugar de mayúscula inicial (Covid-19), como se usa en algunos escritos;6​ y que no es infrecuente ni incorrecto usar solo el primer lexema de esta palabra compuesta (COVID en lugar de COVID-19). Esta simplificación se explicaría por el fenómeno de la economía lingüística, especialmente en el registro informal y discurso hablado.